对冷人体组织单细胞转录组学的ACetic - MEthanol高盐解离方法进行比较评估
Marina Utkina1, Anastasia Shcherbakova1, Ruslan Deviatiiarov1,2,3
1Endocrinology Research Centre, Institute of Personalized Medicine, Moscow, Russia.
Frontiers in cell and developmental biology
|January 22, 2025
概括
一种新的酸-甲醇解离方法 (ACME HS) 有效地从新鲜冷的人类内分泌组织中分离完整的单细胞,保持scRNA-seq.q.的RNA完整性. 这一进步改善了单细胞RNA测序,用于挑战生物银行样本.
科学领域:
- 生物技术是生物技术.
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 对于理解组织异质性至关重要.
- 目前的分离方法难以从新鲜冷的人体内分泌组织中分离完整的细胞.
- 挑战包括维护RNA完整性和细胞形态.
研究的目的:
- 为优化新鲜冷的人类内分泌组织的酸-甲醇解离 (ACME) 方法.
- 评估ACME HS (高盐) 协议,以保护细胞完整性和RNA质量.
- 将ACME HS与scRNA-seq.的酶和核分离方法进行比较.
主要方法:
- 开发并优化了ACME HS协议,使用酸和甲醇进行解离和固定.
- 包含高盐缓冲剂,以稳定RNA和抑制RNases在补水过程中.
- 在41个人类内分泌组织样本中,ACME HS与酶解离和细胞核隔离进行了比较.
主要成果:
- ACME HS有效地解离和固定新鲜冷组织中的细胞,保持细胞形态.
- 该协议显示了高RNA完整性,这对于准确的转录组分析至关重要.
- 在保存细胞类型和基因表达方面,ACME HS的性能优于或与其他方法相匹配.
结论:
- ACME HS是一种强大的方法,可以从具有挑战性的新鲜冷的人体内分泌组织中分离单细胞.
- 这种协议为scRNA-seq提供了一个有价值的替代方案,当活细胞悬浮是困难的.
- ACME HS提高了来自生物银行样本的scRNA-seq数据的可靠性.
