在喀麦隆传播的口病病毒血清型的检测和基因组特征使用环境采样

科学领域:

• 兽医流行病学 兽医流行病学
• 分子诊断学 分子诊断
• 公共卫生 公共卫生

背景情况:

• 口疫病毒 (FMDV) 对牲畜和野生动物构成重大经济威胁.
• 有效的FMDV控制依赖于强大的监测和流行病学理解.
• 在特有地区的有限的兽医资源需要简单的,非侵入性的监测技术.

研究的目的:

• 评估环境采样作为一种广泛的,非侵入性的FMDV监测方法.
• 评估在喀麦隆使用畜牧市场和屠宰场进行FMDV监测的可行性.
• 通过环境采样检测到的FMDV菌株的特征.

主要方法:

• 从喀麦隆六个地点收集了1994年的环境样本 (2019年5月至7月).
• 利用实时RT-PCR进行FMDVRNA检测.
• 采用下一代测序和基于探针的丰富,用于对阳性样本的基因组表征.
• 关于市场和屠宰场实践的调查问卷.

主要成果:

• 8.68% (173/1994) 的环境样本检测出FMDV RNA.阳性.
• 从环境样本中获得基因组长度序列.
• 从14个环境样本中确定了O,A和SAT2类型的FMDV血清.
• 调查问卷揭示了长途动物运输和可变的生物安全实践.

结论:

• 环境采样是一种有效的,非侵入性的FMDV监测策略.
• 畜牧市场,屠宰场和运输车辆是监控和生物安全干预的合适目标.
• 这种方法为流行地区的FMDV战略控制提供了有价值的数据.