改进了用于H3K27ac分析和超强增强器分析的ChIP测序,辅助着光激活分类的法尔马林固定型抛嵌入组织

科学领域:

• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
• 分子生物学分子生物学
• 癌症研究 癌症研究

背景情况:

• 归档的甲固定嵌 (FFPE) 组织对于研究瘤表观遗传学至关重要.
• 现有的FFPE样本的染色质免疫沉测序 (ChIP-seq) 协议需要改进,以消除非目标细胞的干扰.
• 节点T毛囊辅助细胞淋巴瘤,血管免疫细胞类型 (nTFHL-AI) 是一种淋巴细胞恶性瘤,精确的表观遗传概况具有挑战性.

研究的目的:

• 建立和优化一种ChIP-seq协议,用于分析从FFPE淋巴组织中净化瘤细胞中的表观遗传修饰.
• 在nTFHL-AI样本中使用H3K27ac丰富精确地绘制超级增强剂 (SE).
• 证明光激活细胞分类 (FACS) 在改善FFPE样本的ChIP-seq数据质量的有用性.

主要方法:

• 开发一个ChIP-seq协议,包括单细胞制备,热诱导的抗原检索,通过FACS进行细胞分类,染色体剪切和下一代测序 (NGS).
• 使用FACS.AI从nTFHL-AI的FFPE淋巴结样本中分离瘤细胞.
• 对H3K27ac信号进行分析,以在排序的瘤细胞中映射SE并与未排序的组织进行比较.

主要成果:

• FACS成功地从FFPE nTFHL-AI淋巴结样本中分离了瘤细胞.
• 排序细胞中的超级增强器映射显示了与未排序组织相比明显的模式,从非目标细胞中删除了背景噪声.
• 无监督的集群分析表明,SEs对排序细胞的映射与T毛囊辅助细胞非常相似,而不是体质组织.
• 该协议在与纯细胞系验证时显示出高保真度和可重复性.

结论:

• 由FACS辅助的ChIP-seq是FFPE组织中H3K27ac概况和SEs映射的可行方法.
• 该协议通过从异质的FFPE样本中删除混信号,使瘤细胞的精确表观遗传特征成为可能.
• 该方法为使用存档的FFPE样本在各种病理条件下进行表观遗传研究提供了强大的工具.