从Eclipta prostrata (L.L.) 阐明了Wedelolactone生物合成途径:一个综合性分析,整合了新的比较转录学,代谢学和向蛋白质的分子对接

科学领域:

• 植物生物化学 植物生物化学
• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 立方体 (Eclipta prostrata) 产生的生物活性化合物是韦德拉洛阿克 (WDL) 和甲基韦德拉洛阿克 (DW).
• 在E. prostrata中缺乏二次代谢物生物合成的转录组数据.
• 在根和芽组织中WDL和DW的差异积累表明了组织特异性的生物合成.

研究的目的:

• 在E. prostrata.中对根和芽组织进行比较的de novo转录组分析.
• 识别和验证涉及WDL生物合成的转录.
• 通过集成的转录和代谢分析来阐明假定的WDL生物合成途径.

主要方法:

• 根和芽组织的比较de novo转录组测序.
• 差异基因表达分析以确定与WDL生物合成相关的转录.
• 定量实时PCR (qRT-PCR) 用于转录验证.
• 综合的代谢学和转录学分析.
• 对选定的酶进行分子对接研究.

主要成果:

• 从根和树枝组织中生成了49820个独特的转录.
• 识别了与WDL生物合成相关的转录,主要在射线上升调.
• DW和WDL分别显示了根部和上部的差异积累.
• 假定了WDL生物合成的潜在naringenin到apigenin通路.
• 伤口应激诱导DW,WDL和相关转录的积累.

结论:

• 综合的奥米克方法成功地确定了WDL生物合成中的关键转录物和代谢物.
• 纳金宁到阿皮金宁通路是E. prostrata.中WDL产生的一种潜在途径.
• 转录组和代谢组数据为进一步阐明WDL生物合成途径提供了基础.