局部气压对离子流动性和数据一致性的影响在基于diaPASEF的高吞吐量蛋白学中
Michael Steidel1, Sascha Knecht1, Gavain Sweetman1
1Omics Technologies, Cellzome a GSK company, Meyerhofstrasse 1, D-69117 Heidelberg, Germany.
Journal of proteome research
|January 24, 2025
概括
环境空气压力波动导致质谱中的离子流动性转移,影响蛋白质组数据质量. 一种批量自校准方法有效地消除了这些漂移,以获得可靠的大规模蛋白质组学.
科学领域:
- 质谱测量质量谱测量
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 分析化学是一种分析化学.
背景情况:
- 数据独立获取 (DIA) 提供了深入的蛋白质组覆盖.
- 离子流动性 (1/K0) 稳定性对于diaPASEF获取至关重要.
- 环境空气压力会影响真空稳定性和离子流动性.
研究的目的:
- 在TIMS中调查空气压对离子流动性的影响.
- 量化压力变化对diaPASEF数据质量的影响.
- 开发一种方法来纠正离子流动性漂移的方法.
主要方法:
- 将实验性离子流动性与历史天气数据相关联.
- 在diaPASEF数据中分析量化和缺失值.
- 实施和评估一个批量移动自动校准功能.
主要成果:
- 微小的气压变化会导致显著的离子流动性转移 (例如,15 mbar会导致0.025 Vs/cm2的转移).
- 漂移会对的量化产生负面影响,并增加缺失值.
- 在批量自校准完全消除了离子移动性漂移.
结论:
- 环境空气压力是影响TIMS中离子流动性稳定的关键因素.
- 自动校准对于使用diaPASEF的强大和可复制的大规模蛋白质组学至关重要.
- 这种方法确保了蛋白质组研究的高数据质量和完整性.


