细胞储存条件的影响 单细胞蛋白质组景观
Bora Onat1,2,3, Amanda Momenzadeh1,2,3, Ali Haghani3
1Department of Computational Biomedicine, Cedars Sinai Medical Center, Los Angeles, California 90048, United States.
Journal of proteome research
|January 24, 2025
概括
为单细胞蛋白质组学 (SCP) 运输细胞需要了解存储效应. 冷或冷储存会显著改变细胞大小和蛋白质组概况,影响SCP数据质量.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 细胞生物学 细胞生物学
- 质谱测量质量谱测量
背景情况:
- 单细胞转录组学 (SCT) 进行了先进的细胞异质性研究.
- 单细胞蛋白质组学 (SCP) 提供了一个更具功能性的细胞动态视角.
- 在SCP的后勤挑战需要远程样本处理,包括运输.
研究的目的:
- 研究各种细胞储存条件对单细胞蛋白质组分析的影响.
- 评估运输和储存如何影响蛋白质组合和细胞形态.
主要方法:
- 使用数据独立获取 (DIA) 与并行积累串行碎片化 (diaPASEF).
- 对比了293T细胞的蛋白质组概况,这些细胞在37°C (对照细胞),4°C (一夜间) 和196°C (液) 的温度下存储.
- 分析了细胞直径,延长和蛋白质组合的变化.
主要成果:
- 冷 (4°C) 和冷 (-196°C) 的储存条件都导致细胞形态 (直径,延长) 的显著改变.
- 储存在单细胞水平上显著影响了蛋白质组合.
- 与冷藏和冷储存相比,对照条件 (37°C) 的变化很小.
结论:
- 细胞储存条件极大地影响细胞形态和蛋白质组形状.
- 结果为优化SCP样本准备和确保数据完整性提供了必要的技术见解.
- 这项研究解决了一个关键的技术缺口,用于广泛采用远程SCP分析.


