从临床和流行病学人类样本中对产生卡巴酶的肠道细菌进行基因组鉴定

科学领域:

• 临床微生物学和传染病.
• 抗微生物耐药性的基因组流行病学.
• 对细菌病原体的公共卫生监测

背景情况:

• 多种耐药性 (MDR) 细菌,特别是产生碳烯酶的肠杆菌 (CPE),是全球健康面临的重大挑战.
• 在西班牙阿拉贡,CPE的发病率不断上升,需要加强监测和了解耐药机制.
• 基因组工具为检测耐药基因,毒性因子和高风险克隆提供了先进的功能.

研究的目的:

• 从2021年到2023年,在西班牙一家三级医院分析卡巴酶产生肠道细菌 (CPE) 的趋势.
• 描述CPE分离物的基因组多样性和耐药性概况.
• 为管理MDR感染提供个人化医疗策略的信息.

主要方法:

• 从2021年1月到2023年12月,收集首个CPE隔离物,按患者,年份,物种和碳烯酶.
• 使用微稀释进行抗生素敏感性测试.
• 整个基因组测序 (WGS) 使用Illumina短读,de novo组合,以及生物信息学分析用于分类学分类,抵抗体,等离子体,序列类型 (ST),核心基因组多位序列类型 (cgMLST) 和家族遗传学分析.

主要成果:

• 在38,145个Enterobacteriaceae分离物中,CPE占0.4%;在2022年增长三倍,在2023年增长两倍.
• 最常见的物种是Klebsiella pneumoniae (51.8%),最常见的物种是bla carbapenemases.
• WGS证实了物种识别和详细的碳烯酶分布. 在大多数情况下,对关键抗生素的耐药性超过了70%,而等离子体则调解了碳烯酶的传播.

结论:

• 医疗机构中CPE的发病率不断上升,这给公共卫生带来了严重的挑战,治疗选择有限.
• 基因组表征对于理解耐药机制,指导抗微生物治疗和控制疫情至关重要.
• 这项研究强调了基因组监测对于推进精准医学在打击MDR感染方面的重要性.