自然产品的识别和分子对接研究Leishmania主要的Pteridine降解酶抑制剂
Moses N Arthur1,2, George Hanson1, Emmanuel Broni3
1Department of Parasitology, Noguchi Memorial Institute for Medical Research (NMIMR), College of Health Sciences (CHS), University of Ghana, Legon, Accra P.O. Box LG 581, Ghana.
Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
|January 25, 2025
概括
这项研究确定了五种新型的化合物,这些化合物向瑞丁降解酶1 (PTR1) 用于治疗莱什曼病. 计算方法证实了强烈的结合亲缘关系和相互作用,为新的抗莱什曼药物开发铺平了道路.
科学领域:
- 计算化学和药物发现
- 寄生虫学和热带疾病
背景情况:
- 瑞丁减少酶1 (PTR1) 是抗莱什曼病药物开发的关键标.
- 目前用于莱什曼病的化学疗法面临诸多挑战,包括药物耐药性,副作用和成本.
- 迫切需要新的,具有成本效益的治疗药物.
研究的目的:
- 通过in silico方法识别潜在的化合物,这些化合物可以向Leishmania infantum PTR1 (LmPTR1) 酶.
- 选一个自然化合物库,以寻找LmPTR1.1的强效抑制剂.
- 评估已识别的化合物与LmPTR1.1的结合亲和力和相互作用.
主要方法:
- 在 AfroDb 和 NANPDB 的 1463 种天然化合物的晶体结构对 LmPTR1 晶体结构进行选 (PDB ID: 1E92).
- 分子对接模拟以评估结合亲和力,严格的切断值为-8.9 kcal/mol.
- 蛋白质-连接体相互作用分析,分子动力学 (MD) 模拟和MM/PBSA计算.
主要成果:
- 155种化合物符合对接标准,表现出与已知的抑制剂可比的结合亲和力.
- 分子动力学和MM/PBSA证实了与关键的LmPTR1残留物具有有利的疏水和键相互作用.
- 五种化合物 (ZINC000095486253,ZINC000095486221,ZINC000095486249,8alpha-hydroxy-13-epi-pimar-16-en-6,18-olide和帕奇克拉丁D) 根据预测的抗原动物活性和有利的物理化学概况进行了选择.
结论:
- 五种化合物具有显著的结合亲和力和与LmPTR1.1的关键相互作用.
- MD模拟和MM/PBSA计算验证了这些蛋白质-连接体复合体的稳定性和强度.
- 这些已识别的化合物代表了作为新型抗莱什曼治疗药物进一步开发的有希望的候选人.
关键词:
接收人 接收人莱什曼尼亚 (Leishmania) 是一种病.在MM/PBSA中,可以选择MM/PBSA.瑞丁减少酶抑制剂的使用分子对接的分子对接.分子动力学模拟,分子动力学模拟自然产品是自然产品的产品.更多相关视频
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