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Updated: May 30, 2025

Single-Molecule Imaging of EWS-FLI1 Condensates Assembling on DNA
Published on: September 8, 2021
转录因子含有超级家族在真核生物中的进化
Akshara Dubey1, Ganesh Muthu2, Aswin Sai Narain Seshasayee3
1National Centre for Biological Sciences Tata Institute of Fundamental Research Bengaluru India; Manipal Academy of Higher Education Manipal India.
基因调控依赖于转录因子 (TFs) 和非TFs (nTFs). 它们的进化表现出动态的收益和损失,多细胞基团驱动TF扩张,真菌/原生菌影响nTF多样性.
科学领域:
- 进化生物学是进化的生物学.
- 遗传学 是一个遗传学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 基因表达调节对于细胞表型至关重要,主要由转录因子 (TF) 在启动点控制.
- TFs通过进化相关的域结合DNA,与其他核酸和蛋白质结合蛋白 (nTFs) 共享超级家族 (TF-SFs).
- 了解TF DNA结合序列家族及其nTF亲属之间的进化关系是关键.
研究的目的:
- 为了研究TFDNA结合序列家族在真核细胞相对于他们的nTF对应的进化动态.
- 分析TF数量与不同类别的总蛋白质编码基因的缩放.
- 确定TF和nTF演变的驱动因素和模式,包括收益和损失.
主要方法:
- 在真核细胞群中对TF和nTF家族进行比较基因组学分析.
- 与总蛋白质编码基因相对应的TF数量的权力法缩放分析.
- 遗传学分析以推断TF和nTF家族的进化收益和损失.
主要成果:
- TF数量表现出基因数量与类特定的力量定律缩放;真菌显示亚线性,带状动物超线性缩放.
- 最后一个真核生物共同祖先 (LECA) 可能有一个复杂的监管系统,与现存生物相比,nTFs过多.
- 进化在很大程度上是由损失驱动的,尽管在动物中发现了TF的增长;TF在某些超级家族中表现出比nTF更高的进化活力 (增益/损失率).
- TF数量的快速扩张发生在多细胞细胞群中,而nTF扩张在真菌和原生动物中是突出的.
结论:
- TF和nTF进化的特点是动态的收益和损失过程,有来自特定进化节点的重大贡献.
- 多细胞性似乎是TF家族扩张的主要驱动因素,而真菌和原生体显示出显著的nTF多样化.
- TFs和nTFs的相对丰度和演变为我们提供了关于真核生物进化的基因调节网络复杂性的见解.
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