用纳米孔测序对被兽医alphaherpesvirus感染的宿主细胞进行时间转录分析
Dóra Tombácz1,2, Zoltán Maróti3, Péter Oláh4
1Department of Medical Biology, Albert Szent-Györgyi Medical School, University of Szeged, Somogyi u. 4, Szeged, 6720, Hungary.
Scientific reports
|January 25, 2025
概括
马类阿尔法疹病毒1 (EHV-1) 感染改变了宿主基因表达和转录异型的使用. 这项研究使用纳米孔测序来揭示感染细胞中的早期和晚期基因反应和差异性转录使用.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 马类疹病毒1 (EHV-1) 是一个重要的病原体.
- 在转录基层了解宿主-病原体相互作用对于开发抗病毒策略至关重要.
研究的目的:
- 执行感染EHV-1的宿主细胞的时间转录基因分析.
- 在EHV-1感染期间识别差异表达的基因和改变的转录异型的使用.
主要方法:
- 使用纳米孔MinION技术进行直接cDNA测序,用于转录量化.
- 使用edgeR包进行差异基因表达分析.
- 使用STRINGDB和基因监管网络数据库进行基因关联和网络分析.
- 差异性转录使用 (DTU) 分析.
主要成果:
- 鉴定了六个不同表达基因的群,包括即时早期和晚期反应基因.
- 揭示了可能受到EHV-1感染影响的基因网络.
- 在感染宿主细胞中检测到显著差异转录使用 (DTU),特别是改变的拼接变体.
结论:
- 感染EHV-1严重影响宿主细胞基因表达.
- EHV-1 感染还导致转录异型的使用变化,突出显示了复杂的宿主反应.
- 这为EHV-1病原体和潜在的治疗点提供了洞察力.
