通过虚拟查和分子动力学模拟来发现天然产品中的潜在VEGFR-2抑制剂
Qiong Xie1, Mengshi Luo1, Mingyan Liu1
1Chongqing Key Laboratory of Theoretical and Computational Chemistry, School of Chemistry and Chemical Engineering, Chongqing University, Chongqing 401331, P. R. China. chxh7@cqu.edu.cn.
Physical chemistry chemical physics : PCCP
|January 29, 2025
概括
研究人员从COCONUT数据库中确定了四种天然化合物作为血管内皮生长因子受体-2 (VEGFR-2) 的潜在抑制剂,为肝癌治疗提供了新的希望.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 计算化学计算化学
- 药物发现 药物发现 药物发现
背景情况:
- 肝细胞癌 (HCC) 是全球流行的一种癌症.
- 血管内皮生长因子受体-2 (VEGFR-2) 是肝癌的关键治疗点.
- 目前针对VEGFR-2的治疗方法缺乏完全的疗效.
研究的目的:
- 从COCONUT数据库中识别VEGFR-2的新型天然产品抑制剂.
- 用计算方法评估这些抑制剂的结合潜力和稳定性.
- 为开发新的抗癌药物提供理论指导.
主要方法:
- 13,743种天然化合物的分子对接与VEGFR-2.
- 分子动力学 (MD) 模拟以评估系统稳定性 (100 ns).
- 引导分子动力学 (SMD) 模拟以确定结合亲和力.
- QM/MM和MM-GBSA计算用于详细的约束性分析.
主要成果:
- 通过分子对接,确定了96种潜在的VEGFR-2抑制剂.
- 在MD模拟中,有5种化合物表现出稳定的相互作用.
- 在SMD模拟中,四种化合物 (CNP0076764,CNP0028810,CNP0177683,CNP0107283) 在SMD模拟中表现出比索拉尼更高的结合潜力.
- 关键的氨基酸残留物 (Leu840,Val848,Lys868,等等) 的使用. 被确定为抑制剂结合的关键.
结论:
- 来自COCONUT数据库的四种天然产品显示出作为VEGFR-2抑制剂的显著潜力.
- 这些化合物为开发针对肝细胞癌的新疗法提供了有希望的基础.
- 这项研究为未来针对VEGFR-2的药物设计提供了宝贵的理论见解.
