帮助作者产生公平的分类学数据:对一个由作者驱动的表型数据生产原型的评估

科学领域:

• * 生物科学 生物科学
• * 生物信息学是一门学科.
• * 计算生物学 * 计算生物学

背景情况:

• *表型数据中的不一致的词汇阻碍了生物研究和计算分析.
• * 缺乏标准化的表型特征为人类研究人员和人工智能研究人员创造了模两可.
• *生物学家表示需要基于本体学的工作流程,以确保FAIR (可查找,可访问,可互操作,可重复使用) 类型数据.

研究的目的:

• * 引入一个原型软件系统,字符记录器,用于创作计算表型数据.
• * 开发一个本体学增强的编辑器 (角色记录器),一个本体学后台 (Cared Ontology) 和一个冲突解决工具 (冲突解决器).
• *与微软Excel相比,评估字符记录器的有效性,效率和认知负载.

主要方法:

• *开发一个原型软件系统,包括字符记录器,护理本体和冲突解决器.
• * 两个正式的用户评价字符记录器与本科生生物学学生和Carex专家.
• * 对字符记录器和微软Excel进行比较分析,以创建可计算的按字符分类矩阵.

主要成果:

• * 字符记录器证明了学生和专家的快速学习能力,其认知需求与Excel相比较.
• * 与Excel相比,参与者报告使用Character Recorder的数据质量优越.
• * 学生发现字符记录器在教育上有价值;专家建议进一步开发.

结论:

• *字符记录器有效支持创建FAIR表型数据.
• * 该系统解决了在生物研究中对标准化词汇的需求.
• *用户反表明,字符记录器具有很强的潜力,可以作为计算生物学的综合工具.