-seq:在单细胞中的细胞内蛋白质动态的综合,多模式分析

科学领域:

• 神经科学是一个神经科学.
• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 细胞信号对于神经发育至关重要,控制细胞行为和命运.
• 目前的多式单细胞测序方法在与其他分子数据一起进行细胞信号的可扩展分析方面面临挑战.
• 了解蛋白质活性与基因调节的结合,对于破译复杂的生物过程至关重要.

研究的目的:

• 引入 Phospho-seq,一种用于量化蛋白质活性并将其与基因调控元素和转录标连接的综合方法.
• 为了使细胞质和核蛋白,包括翻译后修饰的蛋白质,与其他分子模式同时进行分析.
• 为研究神经发育中的细胞信号提供灵活和可扩展的方法.

主要方法:

• 开发一种简化的基板抗体结合方法,用于创建定制的神经焦点抗体面板.
• 同时的蛋白质和单细胞测试用于转化酶可访问的染色体测序 (scATAC-seq) 在整个细胞上进行分析.
• 使用实验和计算策略集成的转录学测量.

主要成果:

• 在细胞系,诱导多能干细胞和视网膜和大脑器官中证明了素-seq的广泛适用性.
• 展示了 Phospho-seq 提供对细胞状态和轨迹的洞察力的能力.
• 突出了Phospho-seq在阐明基因调节关系和探索神经发育中的细胞信号的实用性.

结论:

• -seq为神经发育研究中的多式单细胞分析提供了一种强大,可扩展的解决方案.
• 该方法有助于更深入地了解蛋白质活性如何影响基因调节和细胞命运.
• -seq有可能揭示细胞信号干扰在神经发育环境中的原因和影响的新见解.