细胞MAP:一个开源软件工具,可以批处理用原子力显微镜收集的细胞拓和刚度图
Antoine Allard1,2, Maxime Liboz3, Raphaël Crépin3
1LAMBE, CNRS, Université Paris-Saclay, Univ Evry, CY Cergy Paris Université, 91025, Evry-Courcouronnes, France. antoine.allard@u-bordeaux.fr.
BMC bioinformatics
|February 5, 2025
概括
细胞MAP软件可以对活细胞进行原子力显微镜 (AFM) 数据的批处理. 这个工具分析多个细胞的地形和刚度,创建一个复合数据集,以获得人口层面的洞察力.
科学领域:
- 生物物理学的生物物理.
- 细胞生物学 细胞生物学
- 材料科学 材料科学 材料科学
背景情况:
- 原子力显微镜 (AFM) 对于分析活细胞形态和粘性弹性至关重要.
- 当前的软件通常会分析单个细胞,限制大规模数据编译.
- 需要有效的工具来同时处理多个AFM数据集.
研究的目的:
- 介绍CellMAP,一个用户友好的软件,用于批处理来自活细胞的AFM数据.
- 为了简化对多个单元格的地形和刚度图的分析.
- 为了方便创建一个复合细胞模型,代表种群级别的属性.
主要方法:
- 开发用于自动化数据分析的CellMAP软件.
- 实施分析管道,包括基板平面化和异常值过.
- 细胞表面,体积,高度和刚度分布的测量.
- 一个复合细胞的生成反映了全人口的身高和硬度.
主要成果:
- 细胞MAP成功地简化了AFM地形和刚度数据的批处理.
- 该软件能够对多个活细胞进行全面分析.
- 生成一个复合细胞表示,总结了种群特征.
结论:
- 细胞MAP提供了一个可访问的解决方案,用于分析活细胞AFM数据的大数据集.
- 该软件增强了研究细胞群异质性在形态学和力学方面的能力.
- 细胞MAP促进了细胞生物物理学和材料特性方面的先进研究.
