通过单细胞多组学分析解读食道状细胞癌转移中的异质性生成

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 基因组学就是基因组学.
• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.

背景情况:

• 染色体可访问性对于食道状细胞癌 (ESCC) 的基因调节和细胞多样性至关重要.
• 了解ESCC中单细胞染色体的可访问性对于破译瘤基因激活和转移的机制至关重要.

研究的目的:

• 调查调控元素在ESCC转移过程中推动细胞异质性的作用.
• 剖析ESCC异质性和瘤微环境 (TME) 相互作用背后的分子机制.

主要方法:

• 在癌症和相邻的非癌症ESCC组织上进行了转化酶可访问色素测序 (scATAC-seq) 的单细胞测定.
• 集成scATAC-seq数据与来自ESCC细胞系的多个其他测序数据集 (scRNA-seq,ChIP-seq,CUT&Tag,Hi-C,大量RNA-seq,大量ATAC-seq).

主要成果:

• 鉴定了增强剂特异性染色体激活,调节SERPINH1转录,促进上皮细胞-介质细胞过渡 (EMT) 和ESCC转移.
• 观察到染色体元素激活导致CD8+ T细胞TNFSF4表达,随后激活调节性T细胞 (Tregs).
• 发现染色质可访问性促进了瘤相关巨细胞 (TAM) 和癌症相关纤维细胞 (CAF) 的分化.

结论:

• 多组学分析揭示了ESCC中的染色质可访问性地图.
• 发光的复杂分子机制驱动ESCC转移期间的细胞异质性.
• 提供了关于瘤进展和恶化的见解,推动了ESCC的研究.