储存时间和温度对FFPE组织段的蛋白质组分析的影响
Jennifer M S Koh1, Erin K Sykes1, Jyoti Rukhaya1
1Faculty of Medicine and Health, ProCan®, Children's Medical Research Institute, The University of Sydney, Westmead, NSW, Australia.
Clinical proteomics
|February 5, 2025
概括
甲固化嵌 (FFPE) 组织段在蛋白质组分析中稳定长达48周,不论是在室温或-80°C储存. 这一发现支持FFPE组织在癌症蛋白质组学研究中的使用.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 癌症研究 癌症研究
- 生物分子分析
背景情况:
- 甲固定嵌 (FFPE) 组织是癌症蛋白质组学的宝贵资源,因为它们的可用性和长期存储潜力.
- 然而,FFPE部分中的蛋白质抗原性会随着时间的推移而降解,影响免疫组织化学 (IHC) 性能.
- 在切割后,用于液体染色学质谱学 (LC-MS) 的FFPE切片的稳定性尚不清楚.
研究的目的:
- 调查储存时间和温度对FFPE组织切片蛋白质质完整性的影响.
- 为了确定FFPE截面在长期储存后适合LC-MS基础的蛋白质组分析.
主要方法:
- FFPE组织部分 (老鼠大脑,脏,肝脏) 在室温 (RT) 和-80°C下储存了48周.
- 在多个时间点使用 TripleTOF 6600 质谱仪的数据依赖采集 (DDA) 和数据独立采集 (DIA) 模式分析了截面.
- 进行了蛋白质和的识别,以及翻译后修改 (PTM) 的量化.
主要成果:
- 通过DDA对蛋白质和的识别不受储存时间或温度的影响.
- 常见的FFPE相关的翻译后修改保持稳定,并可通过DIA量化.
- 对于存储长达48周的FFPE切片,没有观察到蛋白质数据质量的显著退化.
结论:
- 在使用LC-MS的蛋白质组学研究中,FFPE组织切片表现出极好的稳定性.
- 在室温或-80°C保存长达48周不会影响蛋白质或的识别或PTM分析.
- FFPE截面是长期蛋白质组研究的可靠和强大的样本类型.
