对与牛呼吸道疾病相关的抗微生物耐药性的回顾性分析

科学领域:

• 兽医微生物学 兽医微生物学
• 抗微生物耐药性 抗微生物耐药性
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 在料场的牛呼吸道疾病 (BRD) 控制依赖于抗生素,这引发了对抗菌素耐药性 (AMR) 的担忧.
• 牛群中现有的抗菌素耐药性监测缺乏整合,阻碍了对抗菌素使用 (AMU) 与遗传水平耐药性之间的关系的明确理解.

研究的目的:

• 建立一个目录的常见的抗生素耐药性基因 (ARGs) 在机会性细菌病原体有助于BRD.
• 使用公开可用的数据集分析AMU和AMR基因流行之间的关系.

主要方法:

• 对公开可用的细菌基因组测序和元基因组数据集的回顾性分析.
• 在关键的BRD病原体中识别和对ARG进行分类,比如Mannheimia haemolytica和Pasteurella multocida.
• 评估来自牛相关环境 (水,土壤,便) 的猎枪元基因组,用于ARG检测.

主要成果:

• 在BRD病原体中生成了一份临床相关ARG清单,并观察到地理差异.
• 泰洛辛雌激酶基因 (*estT*) 经常被检测到在 *M. haemolytica* 和料场的元基因组中.
• 传统的料区实践,包括在料中使用抗生素,与动物来源样本中ARG的相对丰度增加有关.

结论:

• 在ARG的区域差异强调了当地AMU实践和牛肉生产中的AMR模式之间的联系.
• 对ARG的元基因组检测是可能的,但可以通过序列读取丰度来限制.
• 这些发现支持需要综合监测和实验设计,以更好地评估料区实践对AMR的影响.