单细胞RNA测序在形式素固定和嵌 (FFPE) 组织上识别了乳腺癌中的多细胞

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 基因组学就是基因组学.
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 单细胞RNA测序 (scRNAseq) 是剖析瘤细胞异质性的强大工具.
• 作为广泛可用的资源,甲固化嵌 (FFPE) 组织对scRNAseq的实用性仍在调查中.
• 将FFPE和新鲜冷 (FF) 样本进行比较对于验证癌症研究中的scRNAseq方法至关重要.

研究的目的:

• 为了评估FFPE和FF样本对scRNAseq.q.的适用性.
• 为了比较FFPE和FF衍生的scRNAseq数据之间的细胞类型分布和分子配置.
• 用scRNAseq.来识别和验证乳腺癌中的新细胞亚群.

主要方法:

• 从匹配的FFPE和FF乳腺癌组织 (侵入性导管癌和侵入性叶状癌) 中对scRNAseq数据的比较分析.
• 使用免疫组织化学 (IHC),光在位杂交 (FISH) 和电子显微镜验证scRNAseq发现.
• 使用QuPath和scRNAseq. 的方法量化和比较免疫细胞比例.

主要成果:

• 来自FFPE和FF的scRNAseq库产生了高质量的数据,具有类似的细胞异质性和细胞类型分布.
• 在FFPE和FF样本之间没有识别出任何单独的细胞群.
• 对于上皮细胞瘤细胞的scRNAseq结果与IHC标志物一致,免疫细胞比例在方法之间是可比的.
• 确定并验证了表达FOXJ1和RPN1L的先前未被认可的瘤多细胞 (MCC) 亚群.
• 在约三分之一的ER阳性侵袭性癌症中观察到FOXL1蛋白表达,这表明频繁的焦点MCC分化.

结论:

• FFPE组织适合scRNAseq,提供与FF组织相比可靠的数据.
• FFPE样本的scRNAseq可以有效地表征瘤异质性并识别新型细胞亚群.
• 在乳腺癌中识别瘤MCC为了解瘤生物学和潜在的治疗点开辟了新的途径.