使用开源软件构建资源高效的社区数据库
Sook Jung1, Chun-Huai Cheng1, Taein Lee1
1Department of Horticulture, Washington State University, 303c Plant Sciences Building, Pullman, WA 99164-6414, USA.
开发集成的作物数据库对于在植物育种中利用大数据至关重要. 本研究介绍了使用开源工具构建的五个社区数据库,以支持基因组学和遗传学研究.
科学领域:
- 植物基因组学和育种
- 生物信息学和数据管理
- 农业科学 农业科学
背景情况:
- 非模型作物物种的大数据正在迅速增加.
- 现有的作物数据库面临着不足和间歇性资金,导致有价值数据的不足利用.
- 迫切需要有效的方法来建立和维护作物研究的社区数据库.
研究的目的:
- 解决对作物基因组学,遗传学和育种研究综合数据库资源的需求.
- 描述在社区作物数据库中构建,策划和分析数据的系统和方法.
- 通过五个已建立的作物数据库,提供对数据和工具的访问.
主要方法:
- 在十年内使用开源平台和软件开发了五个作物数据库.
- 实施数据策划和分析协议.
- 整合与作物研究相关的各种数据集.
主要成果:
- 成功建立了五个社区作物数据库:罗萨ceae的基因组数据库 (GDR),疫苗的基因组数据库 (GDV),类基因组数据库 (CGD),脉冲作物数据库 (PCD) 和棉花基因组数据库.
- 这些数据库为研究人员提供精选的数据和分析工具.
- 开源方法促进了可持续的数据库开发.
结论:
- 开发的作物数据库为基因组学,遗传学和育种社区提供了必不可少的综合资源.
- 利用开源技术为建立社区数据库提供了一个高效和可持续的模型.
- 这些数据库将加强大数据在作物改进工作中的利用.
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