在三种猪品种中通过加权GWAS和多组织转录组分析确定了精液特征的候选基因
Xiaoke Zhang1,2, Zhiting Xu1, Qing Lin1
1State Key Laboratory of Swine and Poultry Breeding Industry, National Engineering Research Center for Breeding Swine Industry, Guangdong Provincial Key Lab of Agro-Animal Genomics and Molecular Breeding, College of Animal Science, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China.
Animals : an open access journal from MDPI
|February 13, 2025
概括
这项研究使用基因组和转录组分析确定了影响Duroc,Landrace和约克郡品种猪精液质量的关键基因. 这些发现提高了对改善人工授精成功的遗传因素的理解.
科学领域:
- 动物遗传学动物遗传学
- 生殖生物学 生殖生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 高质量的精液对于猪人工授精的成功至关重要.
- 了解精液特征的遗传结构对于育种计划至关重要.
- 以前的研究已经确定了一些遗传因素,但需要对多种品种进行全面分析.
研究的目的:
- 在Duroc,Landrace和Yorkshire品种中识别与猪精液特征 (精子运动性,渐进运动性,异常率,总精子数) 相关的候选基因.
- 整合权重的全基因组关联研究 (GWAS) 与多组织转录组数据,以进行强大的基因发现.
- 为提高猪精液质量提供遗传基础.
主要方法:
- 针对936头猪进行的全基因组权重关联研究 (GWAS),涉及四种精液特征.
- 多组织转录组分析使用来自34个组织的5457头猪 (FarmGTEx) 的RNA-seq数据.
- 整合GWAS和转录组数据以识别和验证候选基因.
主要成果:
- 在Duroc,Landrace和Yorkshire品种中分别确定了16个,9个和12个与精液特征相关的显著SNP.
- 在Landrace和Yorkshire发现了7,5和7个候选基因,包括先前识别的DNAI2和新型基因PNLDC1和RSPH3.
- 在丸组织中确认了候选基因的高表达,并确定了rs320928244对兰德雷斯丸DYNLT1表达的影响,将基因与精子运动缺陷联系起来.
结论:
- 这项研究阐明了三种主要猪品种的精液特征的遗传基础.
- 确定了与男性生育能力和精子功能相关的新型候选基因 (PNLDC1,RSPH3) 和已确认的已知基因 (DNAI2).
- 为杜洛克,兰德雷斯和约克郡猪的精液质量基因改进提供了理论基础.
