在养猪场环境中研究抗体的方法学方面
Valeriia Ladyhina1, Elisabeth Rajala2, Susanna Sternberg-Lewerin2
1Department of Animal Biosciences, Swedish University of Agricultural Sciences, Uppsala, Sweden; Uppsala Antibiotic Center, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
Journal of microbiological methods
|February 15, 2025
概括
在农场环境中优化研究抗菌素耐药性 (AMR) 的方法至关重要. 这项研究提出了一个具有成本效益的元基因组和生物信息管道,用于复杂农场样本中可重复检测抗生素耐药性基因 (ARG).
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 抗菌素耐药性 (AMR) 是一个重要的健康问题,动物部门对其发展和传播做出了重大贡献.
- 由于采样和分析的方法挑战,农场环境中的抗菌素耐药性的流行病学知之甚少.
- 在复杂的环境矩阵中对AMR进行可重复的研究需要标准化的协议.
研究的目的:
- 优化一种可复制的方法来研究室内农场环境中的抗体,使用元基因组学和生物信息学.
- 建立具有成本效益和高效的样本采集,处理和对抗生素耐药性基因 (ARG) 的生物信息分析协议.
- 在复杂的农场样本中确定ARG检测的最佳测序深度和生物信息方法.
主要方法:
- 综合的元基因组学和生物信息学方法.
- 优化了样本采集,运输,储存和DNA提取的协议.
- 利用Illumina测序和MEGAHIT组件进行元基因组分析和ARG检测.
- 评估了多个ARG数据库,用于全面的基因识别.
主要成果:
- 建议在高深度采用 Illumina 测序的子样本进行成本高效的管道 (25M PE用于基因家族,43M用于变体).
- MEGAHIT组件被用来平衡细菌识别与耐药性基因多样性和丰富性.
- 对多个ARG数据库进行搜索对于检测ARG的全部多样性至关重要.
结论:
- 开发的方法提高了农场环境中的抗药性研究的可重复性.
- 优化的管道为ARG检测和监控提供了一种具有成本效益的方法.
- 这项工作有助于更好地了解农业环境中的抗药性耐药性流行病学,支持One Health倡议.
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