PubChemLite Plus碰撞截面 (CCS) 值用于对非目标环境数据的增强解释
Anjana Elapavalore1, Dylan H Ross2,3, Valentin Grouès1
1Luxembourg Centre for Systems Biomedicine (LCSB), University of Luxembourg, 6 Avenue du Swing, 4367 Belvaux, Luxembourg.
Environmental science & technology letters
|February 17, 2025
概括
研究人员现在可以访问PubChemLite for Exposomics,这是一个精心策划的化学数据库,旨在帮助环境和暴露学研究. 这种开放科学集合简化了从质谱数据中进行化学识别.
科学领域:
- 环境科学 环境科学
- 代谢学 代谢学 代谢学
- 曝光学 (Exposomics) 是一种表现学.
- 计算化学的计算化学
背景情况:
- 在大型化学数据库中,使用非目标高分辨率质谱法 (NT-HRMS) 进行环境和曝光学研究,识别相关化学物质是具有挑战性的.
- 现有的化学数据库包含数以百万计的化合物,其中许多与特定的研究需求无关,妨碍了有效的数据解释.
研究的目的:
- 创建一个动态的,精心策划的化学收藏,PubChemLite for Exposomics,以支持环境,代谢学和暴露学研究.
- 为研究人员提供工具和数据,以解释来自NT-HRMS分析的候选化学物质命中.
主要方法:
- 从十个PubChem注释类别中编译了PubChemLite.
- 使用CCSbase增强了专利,文献和注释计数,预测分区系数 (logP) 和预测碰撞横截面 (CCS) 值的集合.
- 开发了一个新的界面来浏览收藏,包括历史数据趋势,并在Zenodo上根据CC-BY许可证存档月度版本.
主要成果:
- 建立了PubChemLite for Exposomics,这是一个公开可访问和动态的化学收藏.
- 整合预测的物理化学性质 (logP,CCS) 帮助化学物质的识别.
- 通过开放数据,代码和定期存档,确保可复制性和可访问性.
结论:
- PubChemLite for Exposomics促进了环境和暴露学研究中的化学物质识别.
- 通过开放科学原则和可访问的数据,该收藏支持可重复的研究.
- 未来的发展旨在增加实验CCS值的可用性,并扩大收藏的实用性.
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