双重PCR-纳米孔测序试验用于Cryptosporidium物种和亚型的确定
Gustav Killander1, Georgina Isak2, Anna-Malin Linde1
1Department of Microbiology, Unit for Laboratory Development, Public Health Agency of Sweden, Solna, Sweden.
概括
使用纳米孔测序的新方法提供了一种更快,更准确的方法来识别Cryptosporidium物种和亚型. 这种方法成功地检测出具有高一致性的寄生虫,改进了传统的劳动密集型方法.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 寄生虫学的寄生虫学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 杆菌是全球胃肠道疾病的重要原因之一.
- 目前对Cryptosporidium物种和亚型的诊断方法,例如ssu rRNA和gp60基因的桑格测序,是耗时和劳动密集的.
- 需要快速,准确和具有成本效益的诊断工具.
研究的目的:
- 开发和评估一种用于同时PCR放大Cryptosporidium ssu rRNA和gp60位点的新方法.
- 评估使用纳米孔测序来快速确定物种和亚型的可行性.
- 为了比较纳米孔测序与传统的桑格测序的性能.
主要方法:
- 对小亚单元核糖体RNA (ssu rRNA) 和60kDa糖蛋白 (gp60) 基因的同时PCR放大.
- 使用纳米孔技术进行下一代测序.
- 将测序结果与传统的桑格测序进行比较.
主要成果:
- 与桑格测序相比,纳米孔测序成功识别了Cryptosporidium物种和亚型,与桑格测序相比95%的一致性.
- 观察到ssu rRNA的细微序列变化,但没有影响物种识别.
- 使用这两种方法,对gp60基因获得了相同的序列.
- 开发的双重PCR和纳米孔测序方法与桑格测序有很强的相关性.
结论:
- 双重PCR与纳米孔测序相结合,为Cryptosporidium物种和亚型的确定提供了快速,准确和可靠的替代方案.
- 这种方法是当前劳动密集型桑格测序协议的可行替代品.
- 瑞典公共卫生机构计划采用这种新的纳米孔测序方法进行常规诊断.
