通过NMDC EDGE资源,通过标准化和可访问的多主题生物信息学工作流

科学领域:

• 微生物组研究 微生物组研究
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 计算生物学 计算生物学

背景情况:

• 标准化生物信息学工作流程对于将微生物组研究从观察性研究推向大规模数据驱动方法至关重要.
• 标准化的多omics数据有助于进行比较研究,数据重复使用和机器学习应用,用于建模生物过程.

研究的目的:

• 引入授权基因组学专业知识的发展 (NMDC EDGE) 资源,这是一个开源的Web应用程序,旨在提高标准化的多omics生物信息工作流程的可访问性.
• 描述NMDC EDGE的设计和功能,用于处理各种微生物群数据类型.

主要方法:

• 开发了一个用户友好的,开源的Web应用程序 (NMDC EDGE),具有三层架构 (Web应用程序,编排,执行).
• 借助软件容器,并适应高性能和云计算服务,以实现灵活性和扩展.
• 采用了强大的用户研究过程,以获得持续的反和改进.

主要成果:

• NMDC EDGE为研究人员提供了一个可访问的界面,用于处理元基因组,元转录组,自然有机物质和元蛋白质组数据.
• 该架构确保了未来工作流集成的灵活性和可扩展性.
• 整合了生产质量工作流程,以加强数据标准化和互操作性.

结论:

• NMDC EDGE显著降低了研究人员利用标准化的多omics生物信息工作流程的障碍.
• 该资源促进数据标准化和互操作性,加速微生物组研究和数据驱动的发现.