在自然感染的杏仁树样本中模拟Xylella fastidiosa分子诊断测试的准确性

科学领域:

• 植物病理学 植物病理学
• 分子诊断学 分子诊断学
• 植物卫生管理 植物卫生管理

背景情况:

• 紫虫 (Xylella fastidiosa) (Xf) 是欧盟的高优先级隔离害虫,对植物造成重大经济和文化损害.
• 可靠的诊断方法对于控制Xf,确保健康的植物贸易和支持根除努力至关重要.
• 目前的Xf检测协议缺乏精确定义的参数和普遍接受的黄金标准.

研究的目的:

• 为了比较6个分子测定Xylella fastidiosa检测的准确性和性能.
• 评估样品类型 (叶片与木片) 对诊断准确性的影响.
• 确定Xf监测和植物卫生管理的最佳诊断策略.

主要方法:

• 用西班牙自然感染树木的杏仁样本评估了六项分子分析.
• 评估了敏感性和特异性,包括Xf DNA的检测极限.
• 贝叶斯潜伏类模型被用来分析诊断可靠性和优化试验组合.

主要成果:

• 哈珀-qPCR和Li-qPCR测定显示出最高的灵敏度,检测到2.8-3 fg的Xf DNA.
• 滴滴数字PCR (ddPCR) 对木片样本具有高度敏感性;Li-qPCR显示出优异的特异性.
• 与qPCR方法相比,复合聚合酶放大 (RPA) 的检测极限和可重复性较低.

结论:

• 结合Harper-qPCR和Li-qPCR用于树叶,或Harper-qPCR和ddPCR用于木材,通过最大限度地减少假阴性,提高了诊断可靠性.
• 根据特定的流行病学背景调整诊断协议对于有效的Xf监测至关重要.
• 优化敏感性和特异性之间的平衡对于成功管理Xylella fastidiosa的植物卫生至关重要.