从逆相色谱到HILIC:图形变压器电源方法独立机器学习的保留时间
Cailum M K Stienstra1, Emir Nazdrajić1, W Scott Hopkins1,2,3
1Department of Chemistry, University of Waterloo, Waterloo, Ontario N2L 3G1, Canada.
图形转换器 (Graphormer-RT) 是一种新的图形转换器,用于方法独立地预测液态染色学 (LC) 保留时间 (RT). 这种方法使得在质谱学 (MS2) 中更准确的代谢物注释和标识成为可能.
科学领域:
- 分析化学 分析化学
- 计算化学的计算化学
- 生物化学 生化学
背景情况:
- 液体染色学 (LC) 保留时间 (RT) 对质谱学 (MS2) 至关重要,但由于实验变化,难以在不同的方法中进行比较.
- 准确的RT预测有助于减少代谢物注释的错误阳性,区分异构物种,并增强的识别.
研究的目的:
- 开发Graphormer-RT,一种新的图形变压器,用于第一个单一模型,独立于方法的LC保留时间的预测.
- 为 LC 建立一个基础模型,以促进转移学习用于专门的,高精度的方法特定任务.
主要方法:
- 使用了RepoRT数据集,其中包括142,688个反相 (RP) 和4,373个来自191个和49个方法的HILIC RT.
- 开发和评估了一个图形变压器模型,用于在各种LC方法中预测RTs.
主要成果:
- 最好的RP模型实现了29.3±0.6秒的平均平均误差 (MAE),与最先进的单一方法模型相比.
- 最好的HILIC模型实现了42.4 ± 2.9秒的MAE.
- 证明了转移学习的潜力,以减少专门的LC任务的数据需求.
结论:
- Graphormer-RT 作为 LC 的基础模型,使得方法独立的 RT 预测成为可能.
- 这个框架可以优化自动化LC工作流程,改善候选结构过,并促进LC-MS2.2中未知分析物的in silico注释.
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