关于全细胞成像文献的范围研究:一个基础集体,中尺度数据合成的潜力,以及对新兴领域标准化的影响
Mary Mirvis1, Brooke Weingard1, Steven N Goodman2
1Department of Biochemistry & Biophysics, University of California, San Francisco, San Francisco, CA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|February 20, 2025
概括
研究人员审查了89项关于全细胞体积成像的研究,发现进展正在加速,但方法不一致. 他们呼吁标准化实践,以促进对有机细胞网络的理解.
科学领域:
- 细胞生物学 细胞生物学
- 系统生物学 系统生物学
- 生物物理学的生物物理.
背景情况:
- 了解细胞质内有机体的空间布局是细胞生物学中的新前沿.
- 在解开有机细胞相互连接方面有进展,但整个细胞的空间组织仍然未被探索.
- 跨学科的研究合成方法正在出现,以解决复杂的生物学问题.
研究的目的:
- 系统地整理和分析2004-2024年全细胞体积成像的文献.
- 描述这个新兴领域的轨迹,当前状态和趋势.
- 确定常见实践,并倡导研究设计,报告和数据共享的标准化.
主要方法:
- 使用跨学科研究综合的系统文献策划.
- 创建集体,包括89项研究和118个图像数据集.
- 图书统计分析,研究设计的范围审查和报告实践.
主要成果:
- 加快全细胞成像技术的技术发展和研究成果.
- 图像成像方式,模型生物,细胞背景和分析方法的高变化.
- 由于低通量成像方法,向小样本大小和小细胞类型的趋势.
- 常见的定量分析包括有机体体积比率和有机体间接触分析.
结论:
- 全细胞有机细胞网络空间组织领域正在快速发展,但缺乏标准化.
- 建立了一个精心策划的数据集和对标准化实践的呼吁,以促进未来的研究.
- 严格的二次研究方法可以提高细胞生物学中的可重现性,发现性和开放科学实践.
