Jove
Visualize
联系我们
JoVE
x logofacebook logolinkedin logoyoutube logo
关于 JoVE
概览领导团队博客JoVE 帮助中心
作者
出版流程编辑委员会范围与政策同行评审常见问题投稿
图书馆员
用户评价订阅访问资源图书馆顾问委员会常见问题
研究
JoVE JournalMethods CollectionsJoVE Encyclopedia of Experiments存档
教育
JoVE CoreJoVE BusinessJoVE Science EducationJoVE Lab Manual教师资源中心教师网站
使用条款与条件
隐私政策
政策

相关实验视频

SpaIM:通过样式转移进行单细胞空间转录学推算.

Bo Li1, Ziyang Tang2, Aishwarya Budhkar3

  • 1Department of Computer and Information Science, University of Macau, Taipa, Macau SAR, China.

bioRxiv : the preprint server for biology
|February 20, 2025
PubMed
概括
此摘要是机器生成的。

通过使用单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 来预测缺失的基因表达,改善细胞生态系统的基因覆盖和分析精度,SpaIM增强了空间转录学 (ST).

相关实验视频

相关概念视频

您也可能阅读

相关文章

通过共同作者、期刊和引用图与本文相关的文章。

排序
Same author

scDeepAPA: a deep learning framework for single-cell alternative polyadenylation identification.

Briefings in bioinformatics·2026
Same author

VIRSE: a variational Bayesian framework for RNA structural ensemble inference.

Briefings in bioinformatics·2026
Same author

Socioeconomic and Clinical Determinants Driving Access to BRCA Genetic Testing in Cancer : A Case-Control Study Using Observational Electronic Health Records Across Multiple Sites.

medRxiv : the preprint server for health sciences·2026
Same author

SpaGene: A Deep Adversarial Framework for Spatial Gene Imputation.

Computational and structural biotechnology journal·2026
Same author

ShapeRNA: an integrated web server for RNA secondary structure, ensemble, and functional analysis.

Nucleic acids research·2026
Same author

GatorST: A Versatile Contrastive Meta-Learning Framework for Spatial Transcriptomic Data Analysis.

Small methods·2026
Same journal

Genetic Impacts on Variability of Body Fat Distribution Uncover Gene-Environment and Gene-Gene Interactions.

bioRxiv : the preprint server for biology·2026
Same journal

16S ribosomal RNA modification drives transcript-specific translation efficiency.

bioRxiv : the preprint server for biology·2026
Same journal

FlcE latches onto the FliL-stator complex to turbocharge flagellar motility in <i>Borrelia burgdorferi</i>.

bioRxiv : the preprint server for biology·2026
Same journal

Synaptic pruning, myelination and the emergence of psychiatric disorders in late adolescence.

bioRxiv : the preprint server for biology·2026
Same journal

Structural and functional insights into the Rcs phosphorelay.

bioRxiv : the preprint server for biology·2026
Same journal

The structural basis of RanGAP1 regulation and catalysis in nuclear transport.

bioRxiv : the preprint server for biology·2026
查看所有相关文章

科学领域:

  • 基因组学就是基因组学.
  • 生物信息学是一种生物信息学.
  • 计算生物学 计算生物学

背景情况:

  • 空间转录学 (ST) 提供了对细胞生态系统的洞察力,但受到了稀疏的基因信号和有限的检测.
  • 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 提供了全面的基因表达数据,但缺乏空间上下文.

研究的目的:

  • 开发一种新的方法,SpaIM,集成scRNA-seq数据来丰富空间转录组学概况.
  • 解决ST数据中基因覆盖和表达精度的局限性.

主要方法:

  • 风格转移学习模型 SpaIM 将 scRNA-seq 和 ST 数据分为内容和风格组件.
  • 它利用共享内容在ST数据中推算未测量的基因表达.

主要成果:

  • SpaIM显著改善了ST数据中的基因覆盖和表达精度.
  • 在53个不同的ST数据集 (基于测序和成像) 中超过了12种现有方法.
  • 增强下游分析,如联体受体相互作用检测和空间域表征.

结论:

  • 使用scRNA-seq,SpaIM有效地丰富了空间转录组学数据,克服了数据稀疏性和有限的基因检测.
  • 该开源软件推进了空间转录组学分析和基因表达的归算.