评估选择的透化方法对淋巴细胞单细胞多组组的影响
Shifan Ding1, Na Lu1, Hassan Abolhassani1,2
1Division of Immunology, Department of Medical Biochemistry and Biophysics, Karolinska Institute, 17177 Stockholm, Sweden.
Antibodies (Basel, Switzerland)
|February 21, 2025
概括
本研究评估了单细胞多组学的固定和透方法. 一种经过修改的方法平衡了转录组损失和蛋白质组精度,使免疫学研究能够实现集成的细胞内蛋白质组.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 基因组学就是基因组学.
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 一个单细胞分析.
背景情况:
- 单细胞多组学对于理解复杂的免疫反应至关重要.
- 当前的方法通常通过将不同样本部分的omics数据结合起来来引入偏差.
- 整合细胞内蛋白质组与其他蛋白质组仍然是一个重大挑战.
研究的目的:
- 评估最小固定和透对转录组学和蛋白质组学数据质量的影响.
- 用BD RhapsodyTM单细胞分析系统来评估这些方法.
- 在免疫研究中优化结合细胞内蛋白质组学和其他蛋白质组学协议.
主要方法:
- 评估已建立的最小固定和透协议.
- 使用BD RhapsodyTM系统生成转录组学和蛋白质组学数据.
- 高通量测序 (HiseqX平台) 用于多omics数据分析.
- 无监督的聚类来分析免疫细胞群 (例如T细胞).
主要成果:
- 高通量测序对于从单个单元格中组合多omics数据至关重要.
- 固定/透对未受刺激的细胞转录组影响最小,但影响了整体检测.
- 大约60%的免疫刺激的转录密码签名被保留.
- 一种经过修改的固定/透方法减少了转录组损失,提高了蛋白质组的准确性.
结论:
- 这项研究支持将细胞内蛋白质组与其他蛋白质组数据的整合.
- 优化的固定和透是准确的多omics配置的关键.
- 对于强大的细胞内蛋白质组分析,需要进一步开发与寡核酸标记抗体.
