甲基seq,单核RNAseq和发现蛋白质组学在HSRA大鼠模型中确定与脏缺陷CKD相关的途径
Andrew R Milner1, Ashley C Johnson2, Esinam M Attipoe2
1Department of Pharmacology and Toxicology, University of Mississippi Medical Center, Jackson, Mississippi, United States.
American journal of physiology. Renal physiology
|February 21, 2025
概括
低脏数增加慢性脏病 (CKD) 的风险. 一种新型的HSRA大鼠模型显示早期的分子变化,包括表观遗传和蛋白质基因的改变,使其易患CKD. 这为病发展提供了洞察力.
科学领域:
- 腎臟病學 (nephrology) 是一種醫學.
- 发展生物学 发展生物学
- 遗传学 遗传学 是一个
背景情况:
- 低脏数是慢性病 (CKD) 和高血压的危险因素.
- 在HSRA大鼠模型中,表现出先天性脏缺陷,大约75%的后代出生时只有一颗脏,脏数量减少.
- 这种脏缺陷与脏发育受损和晚年CKD的倾向有关,由增加的蛋白尿症证明.
研究的目的:
- 调查先天性脏缺陷的HSRA大鼠中CKD倾向的早期分子机制.
- 分析年轻HSRA大鼠脏中的表观遗传,转录基因和蛋白质基因变化.
主要方法:
- 减少表示双硫酸盐测序 (Methylseq) 用于甲基化分析.
- 单核RNA测序 (snRNAseq) 用于细胞类型特定的基因表达分析.
- 发现蛋白质组学以识别差异表达蛋白质.
主要成果:
- 甲基化分析揭示了HSRA小鼠与没有 nefron 缺陷之间的DNA甲基化最小的差异.
- snRNAseq在多种细胞类型中发现了失调的基因,其中许多与发育有关.
- 蛋白质组分析揭示了366种差异表达的蛋白质,其中DEPTOR和AMDHD2在多个奥米克层中显著失调.
结论:
- 在HSRA大鼠中,先天性脏缺陷与脏的早期,多组分子变化有关.
- 对DEPTOR和AMDHD2的调节失调可能在补偿机制或发育改变的遗传基础上发挥作用.
- 了解这些早期变化可以为保护脏健康和缓解CKD进展提供干预信息.
