选择有能力的逆转录策略,以最大限度地利用eRNA元编码恢复生物多样性

科学领域:

• 环境分子生态学环境分子生态学
• 进行元编码和生物多样性评估.

背景情况:

• 环境DNA (eDNA) 和环境RNA (eRNA) 是生物多样性监测的重要工具.
• eRNA提供了生物活动的实时快照,补充了eDNA的持久性.
• 在eRNA元编码中的反转录步骤显著影响生物多样性恢复,但策略未被评估.

研究的目的:

• 为了比较三种逆转录策略的生物多样性恢复效率:随机六合体原始化,oligo(dT) 原始化和类型特异性原始化.
• 评估这些策略对在不同生物多样性地区检测常见和罕见种类的影响.
• 为 eRNA元码编码中最佳的反转录策略提供建议.

主要方法:

• 随机六合体,oligo(dT) 和以种群为特征的 (Mifish-U) 原始化对eRNA的逆转录进行比较.
• 这些方法在鱼类高生物多样性和低生物多样性环境中的应用 eRNA.
• 对生物多样性恢复的分析,重点关注检测到的种群数量和罕见物种的恢复.

主要成果:

• 随机的六合体原始化始终在低生物多样性和高生物多样性地区产生了最高数量的检测到的种类.
• 在生物多样性较低的地区,Oligo(dT) 的原始处理效果与随机六合体相比较,但在生物多样性较高的地区,尤其是罕见的种群中,效果较差.
• 特定于种群的初始化显示了恢复罕见种群的局限性,同时结合随机的六合体和oligo (dT) 增强了低丰度物种的恢复.

结论:

• 反转录策略对eRNA元编码结果产生了重大影响,影响了全面的生物多样性评估.
• 随机六合体原始化通常是优越的,特别是用于在不同的环境中检测罕见的类型.
• 对于真核生物来说,建议使用组合随机的六合体和奥利戈 (((dT) 初始化,而对于 Prokaryotes 或非多基基化点来说,则优先使用随机初始化.