一种优化的下一代测序方法用于检测非小细胞肺癌中的De Novo MET放大:预后和治疗影响
Simon Cabello-Aguilar1, Julie A Vendrell2, Solène Evrard3
1Département de Pathologie et Oncobiologie, Laboratoire de Biologie des Tumeurs Solides, CHU Montpellier, Université de Montpellier, Montpellier, France; Montpellier BioInformatics for Clinical Diagnosis, Plateau de Médecine Moléculaire et Génomique, CHU Montpellier, Montpellier, France.
一种新型下一代测序方法有效地检测了非小细胞肺癌 (NSCLC) 的 de novo MET放大. 分层MET放大水平揭示了患者生存率的显著差异,影响了治疗策略.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
- 分子诊断学 分子诊断学
背景情况:
- MET放大 (METamp) 是一些非小细胞肺癌 (NSCLC) 病例的关键驱动因素,被称为 de novo METamp.
- 目前的临床实践缺乏对de novo METamp的常规查,其对NSCLC结果的影响还未得到充分研究.
研究的目的:
- 开发和验证一种基于下一代测序 (NGS) 的方法,用于在NSCLC患者中检测和分层METamp.
- 调查临床结果,包括总体存活率 (OS) 和无进展存活率 (PFS),与NSCLC的de novo METamp相关.
主要方法:
- 为METamp检测开发了一种基于NGS的 in silico优化的选方法.
- 该方法在患者队列 (n=72) 中得到验证,并应用于更大的NSCLC患者队列 (n=1932).
- 光现场杂交 (FISH) 被用作验证的基准.
主要成果:
- 与FISH相比,NGS方法在体中显示出高可靠性 (F-score > 0.99) 和高灵敏度 (0.93) 和特异性 (0.97) 在体内.
- 在2.4%的NSCLC病例中发现了De novo METamp,根据副本数比 (CNR) 将其分为低,中和高放大组.
- 在放大组中观察到中位数OS的显著差异 (低:35.9个月,中:14.3个月,高:3.3个月;P<.001). 化学疗法的PFS在中/高组减少 (P = .001).
结论:
- 开发的NGS方法为在NSCLC中检测和分层MET提供了可靠的工具.
- METamp水平的分层揭示了不同的临床结果,表明了个性化治疗策略的潜力.
- 在所有NSCLC患者的诊断时,对MET的常规查可以改善治疗管理,并促进临床试验的招生.
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