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Updated: May 26, 2025
11:14
Primer-Free Aptamer Selection Using A Random DNA Library
Published on: July 26, 2010
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交叉祖先对比的aptamer和抗体蛋白质组测量措施
Jayna C Nicholas1, Daniel H Katz2, Usman A Tahir3
1Department of Genetics, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, NC, USA.
Research square
|February 24, 2025
概括
来自不同平台的蛋白质测量表明相关性较差. 对跨祖先的蛋白质改变变异 (PAVs) 的计算提高了遗传和表型关联的准确性和一致性.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 遗传学 是一个遗传学.
- 人口遗传学 人口遗传学
背景情况:
- 亲和蛋白质组学平台的平台间相关性较低,使蛋白质定量特征位点 (pQTL) 和表型关联的解释变得复杂.
- 蛋白质与遗传变异和表型的关联是具有挑战性的,因为不同蛋白质组学平台之间的相关性较差.
研究的目的:
- 使用SomaScan和Olink平台调查蛋白质测量的平台间相关性.
- 确定蛋白质改变变体 (PAV) 对pQTLs的影响及其对跨平台相关性和跨不同祖先的表型关联的影响.
主要方法:
- 在SomaScan 7k和Olink Explore 3072平台上测量了2,157种蛋白质,来自不同祖先背景的1,930名参与者.
- 分析了平台间相关系数,确定了pQTL,并评估了PAV的贡献.
- 评估了PAV调整对蛋白质测量相关性和遗传/表型关联的影响.
主要成果:
- 2,157种蛋白质的跨平台相关性显示出双模分布,中位数r=0.30.
- 三分之一的pQTL信号是由PAV驱动的,其中80种蛋白质由于不同的PAV频率而表现出跨祖先的差异性相关性.
- 对具有相反效果的PAV进行调整,改善了平台间的相关性和遗传和表型关联的一致性.
结论:
- 蛋白质改变变体 (PAVs) 显著影响蛋白质测量及其与遗传变体和表型的关联.
- 对跨不同祖先的PAV进行核算对于实现平台一致和准确的蛋白质测量至关重要.
- 解决PAV对于在多祖先研究中对蛋白质组数据进行可靠的解释至关重要.
