分享神经刺激计算模型的指导:从项目规划到出版

科学领域:

• 计算建模计算建模
• 科学计算是科学计算.
• 神经刺激建模神经刺激建模

背景情况:

• 分享计算模型提供了诸如增加科学严谨性,效率和可重复使用性等好处.
• 越来越多的需求和实践需要指导共享模型,代码和数据.

研究的目的:

• 为共享计算模型提供可访问的资源.
• 在所有项目阶段提供指导.

主要方法:

• 综合了关于科学计算和代码/数据共享的文献.
• 在开发和分享神经刺激模型方面积累了丰富的经验.
• 开发了适用于大多数计算模型的指南.

主要成果:

• 描述了共享模型的"6R"特性:可重运行性,可重复性,可复制性,可重复性,可重复使用性和可读性.
• 总结科学计算最佳实践的行动项目,包括工具选择,代码设计和文档.
• 为共享模型内容提供了一个检查清单,并讨论了存储库和知识产权方面的考虑.
• 以ASCENT管道为例,用于神经刺激建模的实践.

结论:

• 这篇论文是科学家,用户,机构和期刊的可操作参考.
• 促进计算模型开发,共享和利用的改进实践.
• 旨在提高计算科学中的科学严谨性,可重复性和可重复使用性.