从预测器和SHAKE到分子动态的统一整合方案
1Department of Physical Chemistry, University of Chemistry and Technology, Prague, Technická 5, 166 28 Prague 6, Czech Republic and Research Group of Molecular and Mesoscopic Modelling, The Czech Academy of Sciences, Institute of Chemical Process Fundamentals, Rozvojová 135, 165 00 Prague 6, Czech Republic.
研究人员开发了一种用于分子动力学 (MD) 模拟的统一集成方案,简化了用于特殊任务的软件开发. 这种新方法提高了各种合奏的模拟软件的创建和维护.
科学领域:
- 计算物理和化学 计算物理和化学
- 分子动力学模拟的模拟.
- 数字整合方法 数字整合方法
背景情况:
- 分子动力学 (MD) 模拟中的专业任务通常需要自定义集成算法.
- 这种复杂性使MD模拟软件的开发和维护变得复杂.
研究的目的:
- 提出一个统一的集成方案,用于在MD模拟中解决常见的运动方程.
- 简化新集成器的开发和现有的MD软件的维护.
主要方法:
- 适应了对刚性债券的SHAKE方法,并将其改为预测器-校正器方案.
- 这与时间可逆速度和盒子预测器相结合.
- 集成与Verlet和Gear方法用于各种合集 (微法典,法典,等离体).
主要成果:
- 在简单模型,SPC/E水和离子液体系统上成功测试.
- 在微规律,诺塞-胡佛规律和MTK等合体中生成的轨迹.
- 基于Verlet的方法与传统方法有很好的一致性.
结论:
- 统一方案为开发和维护MD模拟软件提供了更简单的方法.
- 新的集成器适合大规模并行MD软件.
- 这种方法有助于执行专门的MD模拟任务.
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