在空白中填空:很少有昆虫微生物群研究对污染物进行控制
Elisabeth M Williamson1, Tobin J Hammer2, Katja Hogendoorn1
1School of Agriculture, Food and Wine, The University of Adelaide, Adelaide, Australia.
许多昆虫微生物群研究缺乏污染控制,可能会误导研究结果. 研究人员建议使用RIDES检查清单,以提高昆虫微生物组研究的可靠性和可重复性.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 昆虫学 昆虫学是一门学科.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 昆虫与微生物的关系被广泛使用DNA测序来研究.
- 测序容易受到污染,特别是在昆虫中常见的低微生物生物质样本中.
- 区分真正的昆虫微生物群与污染物对于研究准确性至关重要.
研究的目的:
- 在十年内系统地审查有关昆虫微生物群 (细菌群落) 的文献.
- 量化负控制 (空白) 使用和污染控制方法的流行程度.
- 评估昆虫微生物组研究的方法严谨性.
主要方法:
- 进行了10年来发表的243项昆虫微生物群研究的系统文献审查.
- 分析了包括和排序负对照的研究 (空白).
- 评估报告的污染控制和核算方法.
主要成果:
- 三分之二的研究没有包括负对照.
- 只有13.6%的研究对空白进行了测序,并对污染进行了控制.
- 在整个现场发现严重缺乏污染控制.
结论:
- 许多报告的昆虫微生物可能是污染物,而不是真正的微生物群,特别是在低生物质样本中.
- 目前的研究实践有可能掩盖或误导与昆虫相关的微生物群落.
- 建议使用RIDES检查清单 (报告方法,包括负控制,确定污染,探索下游,状态目标外放大) 来提高严格度.
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