单细胞检测对人类清细胞细胞癌的转化酶可访问色素测序的单细胞检测
Wenhao Lu1,2,3, Yixuan Liu1,2,3, Jiaping Li4
1Department of Urology, The First Affiliated Hospital of Guangxi Medical University, Nanning, 530021, Guangxi, China.
Scientific data
|February 25, 2025
概括
通过染色质可访问性的表观遗传调节是清细胞细胞癌 (ccRCC) 的关键. 单细胞ATAC-seq揭示了ccRCC有价值的表观遗传特征,有助于未来的研究.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 在瘤学瘤学.
背景情况:
- 表观遗传调节对于理解清细胞细胞癌 (ccRCC) 的发展至关重要.
- 染色质可访问性是一个重要的表观遗传机制,可能解释瘤的开始.
研究的目的:
- 通过单细胞检测用于转化酶可访问染色体测序 (scATAC-seq) 来研究ccRCC的表观遗传调控场景.
- 建立一个可靠的协议,从新鲜和冷的ccRCC样本中进行核提取,用于scATAC-seq.
- 在ccRCC中介绍scATAC-seq数据分析的基本方法.
主要方法:
- 在3个ccRCC样本上进行了scATAC-seq.
- 处理和分析数据,包括细胞聚类,基因活动评分和动机分析.
- 开发并验证了单细胞悬浮剂的核提取协议.
主要成果:
- 成功捕获了18703个高质量的细胞核,并确定了104818个独特的峰值.
- 证明了核提取协议对新鲜和冷组织的可靠性和稳定性.
- 提供了ccRCC表观遗传特征的全面分析,包括细胞亚型特定的峰值和转录因子动机.
结论:
- scATAC-seq为ccRCC在单细胞水平上的表观遗传特征提供了宝贵的见解.
- 开发的协议和分析方法为未来的ccRCC表观遗传研究提供了坚实的基础.
- 了解ccRCC表观遗传调节可以导致新的治疗策略.
