从的临床气管样本中进行全基因组射击枪测序,用于细菌和新型细菌的识别
Klaudia Chrzastek1,2, Bruce S Seal3, Arun Kulkarni4
1Exotic and Emerging Avian Diseases Research Unit, U.S. National Poultry Research Center, Agricultural Research Service, U.S. Department of Agriculture (USDA), 934 College Station Road, Athens, GA 30605, USA.
Veterinary sciences
|February 26, 2025
概括
全基因组猎枪测序确定了Ornithobacterium rhinotracheale和的呼吸道样本中的一个prophage. 这种方法可以快速检测和描述家禽病原体及其遗传元素.
科学领域:
- 兽医微生物学 兽医微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 禽类的健康 禽类的健康
背景情况:
- 禽类的呼吸道疾病可能会对群体健康和经济可行性产生重大影响.
- 准确识别致病原体对于有效的疾病管理至关重要.
研究的目的:
- 调查全基因组猎枪测序 (sWGS) 的潜力,以识别临床样本中的微生物.
- 描述 Ornithobacterium rhinotracheale (ORT) 和来自有呼吸道疾病的家禽的相关菌.
主要方法:
- 全基因组猎枪测序 (sWGS) 的气管抽样样本.
- 多部位序列类型化 (MLST) 用于ORT基因组表征.
- 生物信息学分析使用体猎人,PHAST和BLAST进行体识别.
主要成果:
- 在使用sWGS的临床样本中检测到ORT和一种预候选物.
- 在ORT基因组分析中,发现了与四环素,氨基糖化物和化物耐药性相关的基因 (tetQ,氨基糖化物-(3) -乙转移酶IV,ermX).
- 菌体序列显示与N4型细菌菌体相同,并含有编码内素的基因.
结论:
- sWGS是一个强大的工具,用于快速检测和表征禽病原体及其临床样本中的遗传元素.
- 鉴定的ORT菌株具有抗生素耐药性基因,突出显示了潜在的治疗挑战.
- 在ORT和prophage的同时出现表明,在家禽呼吸道微生物群中存在复杂的相互作用.
