一个新开发的全基因组测序协议能够早期追踪D68肠道病毒的分子进化
Federica Am Giardina1, Greta Romano2, Guglielmo Ferrari1
1Department of Clinical, Surgical, Diagnostic and Pediatric Sciences, University of Pavia, Pavia, Italy.
Journal of virological methods
|February 26, 2025
概括
一种新的高通量测序试验能够直接从临床样本中对人类肠道病毒D68 (EV-D68) 进行全基因组分析. 这种具有成本效益的方法可以改善对新出现的公共卫生威胁的基因组监测.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 公共卫生 公共卫生
背景情况:
- 人类肠道病毒D68 (EV-D68) 在全球范围内引起了显著的儿科呼吸道疾病.
- 目前的EV-D68监测低估了它的流通量,并依赖部分遗传数据.
- 高通量全基因组测序试验对于及时的基因组监测至关重要.
研究的目的:
- 开发和验证EV-D68.8的可靠,高通量全基因组测序试验.
- 以使用短读平台从临床样本进行直接测序.
- 为了促进精确的分子流行病学和监测EV-D68的进化.
主要方法:
- 开发了一种改进的高通量EV-D68全基因组测序试验.
- 该测试在37个EV-D68阳性和52个额外的呼吸道样本上得到了验证.
- 测序是直接在临床样本上使用短读测序平台进行的.
主要成果:
- 该试验显示了良好的原料性能,并具有高序列精度 (>85%).
- 从85.5%的样本中获得了全基因组或部分基因组序列,Cq < 32.
- 产生了65个全基因组序列,覆盖率高 (平均98.4%) 和深度.
结论:
- 开发的测定方法具有成本效益,易于执行,并且适用于高通量EV-D68监控.
- 这种方法可以追踪EV-D68的进化超越VP1蛋白.
- 该协议支持临床和分子病毒学家为未来的EV-D68分子流行病学监测做准备.


