多omics分析揭示了肠道微生物群与结肠癌患者宿主转录组之间的关联

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 在瘤学瘤学.
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 结肠癌 (CC) 是一种普遍存在的全球性恶性瘤,与肠道微生物群密切相关.
• 以前的研究通常依赖于便样本,限制了对直接瘤微环境的理解.
• 研究粘膜和组织特异性微生物群对于全面了解CC相关的微生物变化至关重要.

研究的目的:

• 用先进的测序技术分析结肠癌组织中的粘膜微生物群的组成.
• 在CC患者中确定瘤和正常组织之间的基因表达差异.
• 探索特定微生物群落,宿主基因表达和CC的临床结果之间的相关性.

主要方法:

• 从19名CC患者的瘤和正常区域收集粘膜和组织样本.
• 用于微生物社区分析的16S rRNA和元基因组测序.
• RNA-Seq用于瘤和正常组织之间的差异性基因表达概况.
• 相关性分析将微生物组成与宿主基因表达和临床数据联系起来.

主要成果:

• 与正常组织相比,在CC组织中观察到微生物社区结构和基因表达特征的显著差异.
• 坎皮洛巴克特 (Campylobacter jejuni) 在CC粘膜中显著丰富,与胆汁分泌相关,与CD4+Tem和巨细胞负相关.
• 1472个基因与CC瘤微生物群显著相关.
• 特定的细菌,包括Bacillus wiedmannii和Mycobacterium tuberculosis,被确定为CC患者具有显著的生存价值.

结论:

• 本研究提供了CC粘膜微生物群的详细表征,提供了超越便分析的见解.
• 这些发现突出了Campylobacter jejuni作为CC病原和免疫调节的潜在因素.
• 鉴定具有生存影响的特定微生物种群为CC治疗策略开辟了新的途径,并强调了微生物群研究在癌症生物学中的重要性.