尼莉:在2D/3D活细胞显微镜中自动化器官细分,跟踪和层次特征提取

科学领域:

• 细胞生物学 细胞生物学
• 生物成像是一种生物成像.
• 计算生物学 计算生物学

背景情况:

• 细胞器官表现出动态的形态变化,这些变化对细胞功能,平衡和疾病至关重要.
• 由于复杂的结构,快速的运动和当前的工具限制,量化器官形态和机动性是具有挑战性的.

研究的目的:

• 介绍Nellie,一个自动化和公正的管道用于器官细分,跟踪和特征提取.
• 提供一个用户友好的工具,可以在没有编码专业知识的情况下进行全面的有机体动态分析.

主要方法:

• 奈莉利用层次细分和半径适应性模式匹配进行精确的分析.
• 该管道具有基于Napari的接口,以实现可访问性.
• 它适应图像元数据,用于多功能应用.

主要成果:

• 奈莉成功地将多个器官从单通道数据中脱离.
• 它使用图形自编码器量化线粒体对ionomycin的反应.
• 该工具通过不同细胞类型和时间点对内质网膜网络进行了表征.

结论:

• 奈莉解决了对细胞生物学中有机细胞动态的可访问,自动化分析的关键需求.
• 该管道增强了细胞平衡,应激反应和疾病进展的研究.