通过使用MULTI-ATAC集成转换来减少单细胞色素可访问性测量的批量效应
Daniel N Conrad1, Kiet T Phong1, Ekaterina Korotkevich2
1Department of Pharmaceutical Chemistry, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94158, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|March 3, 2025
概括
大规模的单细胞ATAC测序 (scATAC-seq) 容易产生批量效应. 我们开发了MULTI-ATAC,这是一种新的多重复合方法,在转换之前将样品组合在一起,以消除这些影响,并实现可扩展的,无批量实验.
科学领域:
- 单细胞基因组学 单细胞基因组学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 药物发现 药物发现
背景情况:
- 转化酶可访问的染色体测序 (scATAC-seq) 的大型单细胞测定面临诸多挑战,包括高成本,冗长的协议和批量效应.
- 现有的样本复合技术不能完全解决由并行转换反应产生的批量效应.
研究的目的:
- 为了解决由可变的核与Tn5比率引起的scATAC-seq中的批量效应.
- 为scATAC-seq.开发一个可扩展和无批次的多重复合方法.
主要方法:
- 开发了MULTI-ATAC,一种在转化步骤之前将样本组合在一起的方法.
- 在免疫细胞上使用96复数多原子药物测定验证的MULTI-ATAC.
- 评估样本分类准确性和双重检测.
主要成果:
- MULTI-ATAC有效地消除了由可变的核与Tn5比率引起的批量效应.
- 该方法在样本分类和双重检测方面实现了高精度.
- 一个96复数药物测定揭示了许多药物响应的染色体区域和细胞类型特异性影响.
结论:
- MULTI-ATAC可以实现无批次和可扩展的 scATAC-seq 工作流.
- 该方法为复杂的生物过程和治疗目标提供了更深入的见解.
- MULTI-ATAC对于多分子药物查和理解表观遗传调节具有强大作用.
