从废水中分离病原体RNA或DNA的新型工作流程:通过创新和传统的qPCR检测
Kristina M Babler1, Helena M Solo-Gabriele1, Mark E Sharkey2
1Department of Chemical, Environmental and Materials Engineering, University of Miami, Coral Gables, FL, USA.
Bio-protocol
|March 3, 2025
概括
本研究介绍了针对检测RNA和DNA病原体的优化废水监测工作流程. 这些方法改善了病原体检测和核酸恢复,由COVID-19监测验证.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 分子诊断学 分子诊断学
- 公共卫生监督是对公共卫生的监督.
背景情况:
- 基于废水的监测 (WBS) 通过核酸分析提供社区健康见解.
- 标准的WBS工作流程包括缩,溶解,净化和量化.
- 优化协议对于在废水中准确检测病原体至关重要.
研究的目的:
- 为RNA和DNA病原体提供全面的WBS工作流程.
- 强调基于过的度与特定的溶解和提取方法相结合.
- 引入用于增强核酸回收和直接RNA分析的新方法.
主要方法:
- 开发了两个不同的WBS工作流程:一个用于RNA病原体 (例如,SARS-CoV-2) 和一个用于DNA病原体 (例如,Candida auris).
- RNA工作流:电子阴性过,直接溶解和RNA提取.
- DNA工作流程:尺寸选择过,溶解,珠子和DNA提取.
主要成果:
- 独立的RNA和DNA工作流程提高了目标病原体的检测.
- 从过 lysates 中直接提取RNA 改善了恢复.
- 一种新的qPCR方法 (V2G) 绕过了RNA分析的逆转录.
- 工作流产生高质量的核酸提取物,适合下游应用,如测序.
结论:
- 基于过的WBS工作流程优化了RNA和DNA病原体的核酸回收.
- 新的方法,包括直接RNA提取和独特的qPCR方法,提高了检测灵敏度.
- 这些经过验证的协议对于社区一级的健康监测和病原体监测有价值.


