甲素固定的胺嵌入式和新鲜冷匹配组织的重叠用于蛋白质组和蛋白质组
Erin M Humphries1, Peter G Hains1, Phillip J Robinson1
1ProCan, Children's Medical Research Institute, Faculty of Medicine and Health, The University of Sydney, Westmead, NSW 2145, Australia.
ACS omega
|March 3, 2025
概括
在蛋白质组和蛋白质组分析中,固定在形式素的嵌 (FFPE) 组织与新鲜冷 (FF) 组织具有很好的重叠和相关性. FFPE组织是蛋白质组和蛋白质组研究的宝贵和可比资源.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 质谱测量质量谱测量
背景情况:
- 液体染色学-质谱学 (LC-MS) 研究经常比较甲固化嵌 (FFPE) 和新鲜冷 (FF) 组织,以评估对蛋白质的保存效应.
- 很少有研究研究了这些保存方法对蛋白质组的影响.
研究的目的:
- 使用LC-MS量化比较匹配的FFPE和FF组织的蛋白质和蛋白质.
- 评估FFPE组织作为生物医学资源对蛋白质和蛋白质组分析的适用性.
主要方法:
- 利用数据独立获取LC-MS分析来自四个老鼠器官的匹配的FFPE和FF组织对.
- 进行了蛋白质和蛋白识别的定量比较,以及保存方法之间的相关性.
主要成果:
- 在FFPE和FF组织之间观察到很好的重叠 (85-97%的蛋白质,82-98%的蛋白质).
- 在匹配的组织对之间发现了强烈的一致性 (皮尔森相关性0.93-0.97蛋白质组,0.79-0.87蛋白质组).
- 在FFPE组织中发现了最小的甲诱导的修饰 (0.05%),表明它们在适当的准备下对分析不至关重要.
结论:
- 蛋白质和蛋白质分析在FPE和FF组织之间具有很高的可比性.
- FFPE组织是蛋白质和蛋白质研究的合适和有价值的资源.
- 优质的样本准备是可靠的FFPE组织分析的关键.
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