用多重错误强大的光成像成像肠道转录组 在现场杂交 (MERFISH)
Paolo Cadinu1,2,3, Evan Yang1,2,3, Rosalind J Xu1,2,3
1Program in Cellular and Molecular Medicine, Boston Children's Hospital, Boston, Massachusetts.
Current protocols
|March 3, 2025
概括
这项研究介绍了多重错误强大的光现场混合 (MERFISH) 协议,用于挑战胃肠组织. 这些方法使空间转录基因分析和RNA成像能够与完整组织片中的免疫光相结合.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 神经科学是一个神经科学.
背景情况:
- 多复合错误强大的光在现场混合 (MERFISH) 是一个强大的技术,用于空间转录基因分析.
- MERFISH已经成功地应用于大脑组织,但由于RNA的快速降解,它在其他组织中面临挑战.
研究的目的:
- 为具有挑战性的组织,特别是哺乳动物胃肠道适应和验证MERFISH协议.
- 为肠道组织中MERFISH提供补充的新鲜冷和固定冷协议.
- 为了整合RNA成像与免疫光用于多模式组织分析.
主要方法:
- 开发两个互补的MERFISH协议:一个用于新鲜冷的样品,一个用于固态冷的样品.
- 编码探头构造,MERFISH成像和图像解码的详细方法.
- 整合MERFISH与免疫光技术,同时检测RNA和蛋白质.
主要成果:
- 在哺乳动物胃肠道组织中成功应用MERFISH,克服RNA降解的挑战.
- 展示了将MERFISH与免疫光学结合起来,以进行全面的空间分析.
- 对新鲜冷和固定冷样品制剂的协议的验证.
结论:
- 开发的MERFISH协议对于在胃肠道等具有挑战性的组织中进行空间转录组分析是有效的.
- 这些协议为研究人员在将MERFISH应用于多样化和难以处理的组织类型时提供了宝贵的资源.
- 与免疫光学的整合增强了MERFISH在多原子空间分析中的实用性.
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