使用亚基因组RNA负载检测SARS-CoV-2的逆转录-定量PCR试验
Yun-Hsiang Cheng1,2, Cheng-Hsiu Chen1,3, Ping-Cheng Liu1,4
1Institute of Preventive Medicine, National Defense Medical Center, Taipei, Taiwan.
Heliyon
|March 4, 2025
概括
亚基因组RNAs (sgRNAs) 是活性SARS-CoV-2复制的新型标记物. 在动物模型中针对sgRNA的新型RT-qPCR测定显示出与病毒载量和传染性有很强的相关性,为传统方法提供了可靠的替代方案.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 分子生物学分子生物学
- 传染性疾病 传染性疾病
背景情况:
- 感染SARS-CoV-2会产生基因组RNA (gRNA) 和亚基因组RNA (sgRNA).
- 传统的PCR向gRNA不足以检测活跃的病毒复制.
- 亚基因组RNAs (sgRNAs) 是积极病毒复制的有希望的新型标记物.
研究的目的:
- 为了验证反转录定量PCR (RT-qPCR) 的实用性,针对sgRNA的测定用于评估动物模型中的活跃SARS-CoV-2病毒载量和感染性.
- 为SARS-CoV-2基因和宿主家政基因开发和表征RT-qPCR测定.
主要方法:
- 开发了针对SARS-CoV-2基因 (ORF1ab,N,E,E-sgRNA) 的四种RT-qPCR试验和两个用于家政基因 (汉姆斯特Gapdh,老鼠Actb) 的试验.
- 使用连续稀释进行准确量化,建立了标准曲线.
- 分析了102个动物肺组织样本,将RT-qPCR结果与病毒培养进行了比较.
主要成果:
- 所有开发的RT-qPCR试验都显示出高放大效率 (96%-97%) 和Ct值和对数复制数之间的强相关性 (R 2 =0.9933-0.9996).
- 在所有测试目标中,RT-qPCR阳性检测与病毒培养结果有很强的相关性.
- 该E-sgRNART-qPCR测定显示了与病毒培养结果最密切的相关性 (r=0.93,p<0.001).
结论:
- 在动物模型中,SARS-CoV-2 sgRNA RT-qPCR测定是活跃病毒复制的有效指标.
- 这些测试为评估SARS-CoV-2感染性提供了传统病毒培养方法的可靠和敏感的替代方案.
- 在临床前研究中,E-sgRNA测定对准确跟踪活跃病毒载荷特别有希望.
