DMRichR管道的 FAIRification:推进环境和进化模型生物的表观遗传研究

科学领域:

• 环境表观遗传学环境表观遗传学
• 生态学的生物信息学
• 非模型生物体基因组学

背景情况:

• 生物信息学工具往往排除了环境相关的物种,阻碍了生态研究和化学风险评估.
• 在生态研究中,有限的资源和工具的可用性造成了不平衡,限制了全面的研究.
• 现有的软件需要针对定制基因组进行适应,特别是用于分析像甲基化模式这样的表观遗传修饰.

研究的目的:

• 适应DMRichR包用于定制,非模型基因组中的表观遗传分析.
• 为了使生物信息学工具用于研究中通常不优先考虑的物种,例如大夫尼亚.
• 改善对影响水生生态系统甲基化模式的化学品的现代风险评估的应用.

主要方法:

• 修改了DMRichR包代码,使其与非模型基因组兼容.
• 开发了三个新的特定物种R包 (BSgenome,TxDb,org.db) 用于定制基因组注释.
• 使用 makeCGI 包实现了 CpG 岛屿轨道,并为增强功能调整了 DMRichR.

主要成果:

• 经过调整的DMRichR工作流成功支持以前未得到支持的达夫尼亚物种的表观遗传分析.
• 修改后的包装适用于任何具有可用的注释参考基因组的物种.
• 促进了先进的表观遗传分析工具的使用,用于更广泛的生态研究.

结论:

• DMRichR的FAIR-ification扩大了生物信息学对生态和进化研究的可访问性.
• 这种适应解决了非模型生物的工具可用性的关键差距.
• 能够使用表观遗传数据进行更全面的环境风险评估和生态研究.