diaPASEF对HLA-I的分析使得常见癌症新抗原的量化成为可能
Denys Oliinyk1, Hem R Gurung2, Zhenru Zhou2
1Department of Proteomic and Genomic Technologies, Genentech Inc, South San Francisco, California, USA; Functional Proteomics, Jena University Hospital, Jena, Germany.
Molecular & cellular proteomics : MCP
|March 5, 2025
概括
具有并行积累串行碎片离子流动性 (diaPASEF) 的数据独立获取增强了人类白细胞抗原I类 (HLA-I) 的检测和定量,包括瘤特异性新抗原,即使来自较低的细胞数量.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 分析化学 分析化学
背景情况:
- 人类白细胞抗原I类 (HLA-I) 分子向T细胞呈现,对免疫监测至关重要.
- 识别和量化低丰度的HLA-I,特别是瘤新抗原,仍然是质谱学的重大挑战.
- 现有的方法需要提高灵敏度,以进行全面的免疫组分析.
研究的目的:
- 评估数据独立获取 (DIA) 与并行积累串行碎片离子移动性 (diaPASEF) 结合用于高灵敏度HLA-I的识别和定量.
- 评估diaPASEF在从有限的样本量中检测低丰度的性能,包括新抗原.
- 为优化一个精简的diaPASEF工作流程用于免疫组分析.
主要方法:
- 实施一个简化的diaPASEF工作流程用于HLA-I分析.
- 利用特定于HLA结合剂的in silico预测的光谱库来改善的识别.
- 应用SILAC-DIA用于HLA-I的定量分析,并使用尖合成进行验证的新抗原量化.
主要成果:
- 鉴定了11,412个独特的和3,426个8-11mer,来自500,000个具有高可重复性的细胞.
- 使用SILAC-DIA.达到高定量准确度,可达5倍稀释.
- 在C1R细胞系模型中成功识别和量化了13种共享的新抗原.
结论:
- 该diaPASEF工作流显著增加HLA-I体覆盖率,特别是在较低的样本数量.
- 迪亚的灵敏度和定量精度使得可以检测和量化像新抗原这样的低丰度.
- 这种方法促进了瘤特异性表位的分析,并推进了免疫组研究.
