协商一致的非负矩阵因子化揭示了转移性基因表达程序,并确定了类似于E74的ETS转录因子3,在乳头甲状腺癌中转移到淋巴结

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 基因组学就是基因组学.
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 晚期乳头甲状腺癌 (PTC) 显示出显著的瘤异质性.
• 了解推动这种异质性的基因表达程序 (GEPs) 对改善诊断和治疗至关重要.

研究的目的:

• 用集成的单细胞和散装RNA测序来探索PTC中的转录异质性.
• 确定关键的基因表达程序和PTC进展和转移的分子驱动因素.

主要方法:

• 综合单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和大量RNA-seq数据分析.
• 共识非负矩阵因子化 (cNMF) 用于GEP识别.
• 机器学习用于淋巴结转移 (LNM) 签名开发和体外功能验证.

主要成果:

• 一个与上皮介质过渡 (EMT) 相关的GEP (GEP3) 与LNM和不良结果有很强的相关性.
• ELF3被确定为GEP3中的一个枢纽基因,驱动了侵入性和血管生成,特别是在BRAF V600E突变PTC中.
• ELF3倒置抑制了EMT和血管生成;更高的ELF3表达与维穆拉费尼布敏感性相关.

结论:

• 在PTC进展和转移中,GEP3和ELF3起着至关重要的作用.
• 坦斯皮米辛和韦穆拉费尼布显示对高GEP3的PTC细胞具有治疗潜力.
• 针对ELF3驱动的途径为异质和转移性PTC提供了精确的策略.