通过可转换元素显示序列的超敏感检测跨多个家族的转子子插入
Pol Vendrell-Mir1, Basile Leduque1, Leandro Quadrana2
1Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2), Centre National de la Recherche Scientifique, Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement, Université Evry, Université Paris-Saclay, Gif Sur Yvette, 91190, France.
我们开发了一种敏感的TE显示测序方法,以检测新的可转换元素插入. 这种方法揭示了 TE 插入在种群中的速率,分布和选择,为基因组进化提供了洞察力.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 进化生物学 进化生物学
背景情况:
- 可转移元素 (TE) 可以引起显著的突变,但由于检测挑战,它们的插入率和种群动态不明.
- 新的TE插入通常很少见,很难识别,限制了对其基因组分布和进化影响的研究.
研究的目的:
- 开发和验证一种高度敏感和特定的方法来检测新的可转换元素插入.
- 为了使不同TE家族的同时检测,并在大规模实验中分析它们的种群动态.
主要方法:
- 一种新的TE显示测序方法,使用TE极端的目标放大.
- 与纳米孔测序集成,用于长读识别和快速分析 (<24小时).
- 适用于经历转移爆发的Arabidopsis thaliana种群.
主要成果:
- 该方法检测非参考TE插入具有高灵敏度 (25万分之一) 和跨多个TE家族 (逆转移体和DNA转移体) 的特异性.
- 对Arabidopsis thaliana的分析显示,3-4%的新TE插入显示出等位基因频率的变化,这表明选择.
- 这种方法是多功能,具有成本效益,适合复杂的"mobilome"调查和"进化和再序列"研究.
结论:
- TE显示测序为研究TE插入率和景观提供了一个超灵敏,具体,简单和经济有效的解决方案.
- 提供了协议和生物信息管道,以便在大规模人口研究中轻松实施.
- 这种方法显著推进了对 TE 动态及其进化后果的研究.
更多相关视频
10:34Identification of Sleeping Beauty Transposon Insertions in Solid Tumors using Linker-mediated PCR
Published on: February 1, 2013
11:12Determination of the Optimal Chromosomal Locations for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach
Published on: September 11, 2017
相关概念视频
DNA-only Transposons
The donor site from where the transposon is excised is either degraded or...
Overview of Transposition and Recombination
Non-LTR Retrotransposons
LTR Retrotransposons
The internal coding region of LTR retrotransposons and their mechanism of transposition closely resembles a...
